ゲームクリア報酬
- 所持金「200両」追加
- 設定難易度に「達人級」が追加される
クリア後のモード追加
-
最初から/データ引き継ぎ
クリアデータ（能力、アイテム、所持金など）を引き継いだ状態でゲームを最初から始めることが可能。
ゲームの内容に変更はないが、サブストーリーは引き継がれないので最初から。 -
幕末漫遊
ストーリーと関係なく京の町を自由に探索できるフリーモード。
クリア後のセーブデータをロードするとサブストーリー、アナザーライフ、バトルダンジョンも引き続き続行できる。
寺田屋の壁にかかっている着物を調べると服装を変更することができる（普段着、新撰組、新撰組〜炎〜、新撰組〜金〜、新撰組〜大漁〜）。 -
究極闘技
ストーリーと関係なく用意されたバトルミッションに挑戦するモード。
クリアすると珍しい道具が入手できる。